Curso de Vigilancia Genómica de Patógenos Emergentes

Lección 1 • Patógenos y Sus Genomas

Introduce la arquitectura del genoma viral, bacteriano y fúngico, y la fidelidad de la replicación. Establece por qué la estructura del genoma determina la utilidad para la vigilancia.

Lección 2 • Mutación, Variación y Evolución

Cubre modelos de sustitución, presiones de selección y fuerzas evolutivas que moldean los genomas de patógenos. Proporciona la base para interpretar señales filogenéticas.

Lección 3 • Principios de Epidemiología Genómica

Define la epidemiología genómica y su distinción de la epidemiología clásica. Conecta la variación genómica con la inferencia de transmisión.

Lección 1 • Secuenciación de Lectura Larga y por Nanoporo

Cubre los principios de la secuenciación por nanoporo y de molécula única en tiempo real, y sus ventajas para variantes estructurales. Vincula las lecturas largas con la vigilancia desplegable en campo.

Lección 2 • Control de Calidad de la Secuenciación

Enseña métricas para evaluar la calidad de lecturas crudas e identificar artefactos técnicos. Asegura que los estudiantes puedan señalar datos de baja calidad antes del análisis corriente abajo.

Lección 3 • Selección de Plataforma para Despliegue en Campo

Aplica restricciones de costo, capacidad de procesamiento e infraestructura a las decisiones de elección de plataforma. Prepara a los estudiantes para justificar estrategias de secuenciación en entornos de recursos limitados.

Lección 4 • Plataformas de Secuenciación de Lectura Corta

Explica la química de secuenciación por síntesis y la generación de agrupaciones. Posiciona las plataformas de lectura corta como el estándar actual de alta capacidad de procesamiento.

Lección 1 • Fundamentos de Línea de Comandos para Genómica

Introduce la terminal Unix, navegación de archivos y bases de scripting necesarias para flujos de trabajo bioinformáticos. Elimina la barrera computacional para profesionales formados en laboratorio húmedo.

Lección 2 • Ensamblaje de Genomas De Novo

Explica las estrategias de ensamblaje por solapamiento-distribución-consenso y grafos de De Bruijn. Permite la reconstrucción de genomas de patógenos novedosos sin referencia.

Lección 3 • Automatización de Flujos y Reproducibilidad

Introduce gestores de flujo de trabajo y contenedores para análisis genómicos reproducibles. Asegura que los flujos de vigilancia puedan ser auditados y re-desplegados consistentemente.

Lección 4 • Anotación de Genomas y Llamado de Variantes

Enseña la anotación automatizada de secuencias codificantes y la identificación de variantes funcionalmente significativas. Vincula características genómicas con dianas de vigilancia fenotípica.

Lección 1 • Alineamiento Múltiple de Secuencias

Cubre algoritmos de alineamiento progresivo e iterativo y su efecto en la filogenética corriente abajo. Establece la calidad del alineamiento como prerrequisito para árboles precisos.

Lección 2 • Interpretación de Árboles para la Salud Pública

Traduce agrupaciones filogenéticas, parafilia y soporte de clado al lenguaje de salud pública. Prepara a los estudiantes para comunicar hallazgos a audiencias no genómicas.

Lección 3 • Señal Temporal y Relojes Moleculares

Enseña regresión raíz-a-punta y modelos de reloj Bayesiano para datar eventos evolutivos. Conecta las escalas de tiempo evolutivas con los cronogramas de brotes.

Lección 4 • Filogeografía y Reconstrucción de la Dispersión

Aplica modelos filogeográficos discretos y continuos para inferir la dispersión geográfica. Permite mapear rutas de migración de patógenos a partir de datos de secuencia.

Lección 1 • Sistemas de Clasificación de Linaje y Clado

Revisa marcos de nomenclatura dinámica utilizados para patógenos de rápida evolución. Explica cómo se asignan y actualizan las designaciones de linaje.

Lección 2 • Integración de Bases de Datos y Seguimiento de Variantes

Enseña la consulta de bases de datos de secuencias globales para monitorear la prevalencia de variantes a lo largo del tiempo. Conecta las salidas de bases de datos con tableros de vigilancia en tiempo real.

Lección 3 • Criterios de Variante de Interés y Preocupación

Define los umbrales fenotípicos y genómicos utilizados para escalar las clasificaciones de riesgo de variantes. Vincula biomarcadores genómicos con transmisibilidad, gravedad y escape inmune.

Lección 1 • Genómica de Brotes Transmitidos por Alimentos y Zoonóticos

Cubre métodos de atribución de fuente para patógenos transmitidos por alimentos usando secuenciación del genoma completo. Extiende la vigilancia genómica a reservorios animales y cadenas de suministro de alimentos.

Lección 2 • Integración de Datos Epidemiológicos y Genómicos

Combina registros de rastreo de contactos con datos filogenéticos para validar o refutar vínculos de transmisión. Demuestra cómo la discordancia entre conjuntos de datos orienta la investigación.

Lección 3 • Métodos de Detección de Conglomerados Genómicos

Introduce umbrales de distancia de SNP y algoritmos de agrupación filogenética para la detección de brotes. Establece la definición genómica de un conglomerado de transmisión.

Lección 4 • Investigación de Brotes Asociados a la Atención en Salud

Aplica la secuenciación del genoma completo a escenarios de brotes nosocomiales, incluyendo organismos multirresistentes. Enseña muestreo ambiental y análisis de la vía del paciente.

Lección 1 • Bioinformática y Reportes Automatizados

Implementa flujos automatizados que procesan secuencias entrantes y generan reportes de vigilancia estandarizados. Reduce los cuellos de botella manuales en entornos de alto volumen.

Lección 2 • Evaluación del Desempeño del Sistema de Vigilancia

Aplica métricas de oportunidad, sensibilidad y representatividad para evaluar la efectividad del sistema de vigilancia. Orienta la mejora iterativa de la infraestructura de vigilancia.

Lección 3 • Estrategias de Muestreo y Representatividad

Cubre diseños de muestreo probabilístico y centinela para asegurar que los datos genómicos representen la verdadera diversidad de patógenos. Aborda sesgos geográficos y demográficos.

Lección 4 • Arquitectura del Sistema de Vigilancia

Mapea los componentes de un sistema de vigilancia genómica de extremo a extremo, desde la recolección de muestras hasta el reporte. Identifica cuellos de botella y requisitos de redundancia.

Lección 1 • Reporte y Coordinación Internacional

Cubre obligaciones y mecanismos para compartir datos de vigilancia genómica con organismos de salud internacionales. Aborda la soberanía de datos y las normas de intercambio recíproco.

Lección 2 • Relacionamiento con Medios y el Público

Prepara a los estudiantes para responder a consultas de los medios sobre genómica de patógenos emergentes con precisión. Cubre disciplina del mensaje, uso de analogías y corrección de información errónea.

Lección 3 • Desarrollo de Informes Políticos

Orienta la construcción de informes políticos basados en evidencia que vinculan datos de vigilancia genómica con opciones de intervención. Conecta la evidencia científica con recomendaciones accionables.

Lección 4 • Comunicación del Riesgo Genómico a Tomadores de Decisiones

Enmarca los hallazgos genómicos en términos de riesgo para la salud pública utilizando resúmenes en lenguaje claro. Enseña la calibración del lenguaje de incertidumbre para audiencias no técnicas.