Curso de Relatórios Clínicos com R

Aula 1 • Controle de Versão com Git no RStudio

Integra o controle de versão Git diretamente no fluxo de trabalho do RStudio para scripts clínicos. Permite o rastreamento de alterações e a colaboração essenciais para ambientes regulados.

Aula 2 • Fundamentos do Fluxo de Trabalho Orientado a Projetos

Estabelece uma estrutura de projeto reproduzível usando Projetos RStudio e convenções de diretório. Garante que todos os caminhos de arquivo e saídas permaneçam portáteis e auditáveis.

Aula 3 • Instalando R e RStudio

Aborda a instalação do R e RStudio em diferentes sistemas operacionais e gerenciamento de versões. Estabelece o ambiente básico necessário para todos os capítulos subsequentes.

Aula 4 • Configurando o RStudio para Projetos Clínicos

Aplica configurações do RStudio e layouts de painel otimizados para trabalho com dados clínicos. Reduz o atrito nas tarefas diárias de relatórios por meio de configuração direcionada.

Aula 1 • Visão Geral dos Padrões de Dados Clínicos

Explica as convenções de conjuntos de dados CDISC SDTM e ADaM e suas representações em R. Fornece contexto sobre por que os dados chegam em formas e padrões de nomenclatura específicos.

Aula 2 • Estruturas de Dados R para Dados Clínicos

Aborda data frames, tibbles, listas e fatores conforme se aplicam a conjuntos de dados clínicos. Os alunos selecionam a estrutura correta para cada tarefa de relatório.

Aula 3 • Importando Conjuntos de Dados SAS e CSV

Demonstra a leitura de arquivos de transporte SAS, arquivos SAS7BDAT e formatos CSV em R. Aborda codificação, preservação de rótulos e tratamento de atributos de formato.

Aula 4 • Validação e Inspeção Inicial de Dados

Aplica verificações sistemáticas para confirmar a completude do conjunto de dados, tipos de variáveis e faixas esperadas. Detecta problemas nos dados antes que eles se propaguem para as saídas do relatório.

Aula 1 • Lidando com Datas e Horários em Ensaios

Analisa datas completas e parciais ISO 8601 comuns em dados clínicos usando lubridate. Calcula durações, dias de estudo e intervalos de exposição com precisão.

Aula 2 • Derivando Novas Variáveis Clínicas

Cria variáveis derivadas, como grupos etários, flags de linha de base e valores de alteração desde a linha de base. Espelha a lógica de derivação ADaM dentro de scripts R.

Aula 3 • Identificação e Sinalização de Dados Ausentes

Identifica, quantifica e sinaliza valores ausentes de acordo com as convenções de relatórios clínicos. Prepara conjuntos de dados para apresentação conforme de dados ausentes em tabelas.

Aula 4 • Remodelando Dados para Tabelas Resumo

Aplica operações pivot para converter formatos longo e largo exigidos por diferentes shells de tabela. Permite agregação flexível entre visitas e parâmetros.

Aula 5 • Juntando Domínios Clínicos

Mescla domínios de nível de sujeito, nível de evento e achados usando variáveis-chave. Produz conjuntos de dados integrados necessários para análises de eficácia e segurança.

Aula 1 • Testes Estatísticos para Notas de Rodapé de Tabela

Aplica testes apropriados, como teste t, qui-quadrado e Wilcoxon, para notas de rodapé com valor-p. Garante que a seleção do teste esteja alinhada com o tipo de variável e as premissas de distribuição.

Aula 2 • Construção da Tabela de Dados Demográficos da Linha de Base

Constrói uma tabela completa de dados demográficos e características da linha de base a partir do ADaM ADSL. Demonstra o pipeline completo, desde os dados até a saída da tabela formatada.

Aula 3 • Automatizando Estatísticas Resumo em Vários Parâmetros

Usa programação funcional para aplicar funções resumo em vários parâmetros ou visitas. Elimina código repetitivo e garante consistência nas saídas das tabelas.

Aula 4 • Resumos de Variáveis Categóricas

Produz contagens de frequência e porcentagens para variáveis categóricas e binárias. Lida corretamente com a seleção de denominadores e a exibição de categorias com contagem zero.

Aula 1 • Tabelas Resumo de Desfechos de Eficácia

Produz tabelas para desfechos de eficácia primários e secundários com resumos por visita. Incorpora linhas de alteração desde a linha de base e contagens de análise de respondedores.

Aula 2 • Tabelas Resumo de Eventos Adversos

Constrói tabelas de incidência para eventos adversos por classe de sistema de órgãos e termo preferido. Aplica a ordenação por hierarquia MedDRA e a estrutura de colunas por braço de tratamento.

Aula 3 • Seleção e Configuração de Pacotes de Tabelas

Compara rtables, gt e flextable para casos de uso clínico e configura cada um. Os alunos escolhem a ferramenta certa com base no formato de saída e no contexto regulatório.

Aula 4 • Exportando Tabelas para RTF e Word

Exporta tabelas formatadas para os formatos RTF e Word exigidos para submissões regulatórias. Valida se a saída exportada corresponde exatamente à tabela renderizada na tela.

Aula 1 • Exportando Figuras para Formatos de Submissão

Salva figuras como arquivos TIFF, PDF e PNG de alta resolução atendendo às especificações de submissão. Controla dimensões, resolução e incorporação de fontes para conformidade regulatória.

Aula 2 • Fundamentos do ggplot2 para Gráficos Clínicos

Estabelece a gramática de gráficos do ggplot2 aplicada a contextos de dados clínicos. Constrói o vocabulário visual necessário para todos os tipos de figura subsequentes neste capítulo.

Aula 3 • Gráficos de Floresta para Análises de Subgrupo

Produz gráficos de floresta exibindo estimativas de efeito do tratamento em subgrupos predefinidos. Aplica eixos em escala logarítmica e linhas de referência conforme as convenções de relatórios.

Aula 4 • Gráficos de Perfil Médio e Spaghetti

Constrói perfis médios ao longo do tempo com barras de erro e trajetórias individuais dos sujeitos. Usado para visualização de desfechos contínuos ao longo das visitas em seções de eficácia.

Aula 5 • Curvas de Sobrevivência de Kaplan-Meier

Gera curvas de Kaplan-Meier com intervalos de confiança e tabelas de risco usando survminer. Abrange a preparação de dados de tempo até o evento e anotação de curvas.

Aula 1 • Incorporando Tabelas e Figuras em Relatórios

Integra tabelas e figuras formatadas em documentos R Markdown com legendas corretas. Garante que as referências cruzadas e a numeração permaneçam consistentes em todo o documento.

Aula 2 • Automatizando Pipelines de Relatórios com targets

Implementa o pacote targets para orquestrar pipelines de relatórios clínicos de ponta a ponta. Garante que apenas etapas desatualizadas sejam executadas novamente quando dados ou código upstream forem alterados.

Aula 3 • Relatórios Parametrizados para Múltiplos Estudos

Usa parâmetros do R Markdown para gerar relatórios separados por estudo, braço ou local. Elimina erros de copiar e colar manualmente em documentos clínicos relacionados.

Aula 4 • R Markdown para Documentos Clínicos

Apresenta a estrutura do R Markdown, cabeçalhos YAML e opções de chunk para relatórios clínicos. Estabelece a estrutura do documento usada neste capítulo.

Aula 1 • Teste de Unidade de Funções Clínicas em R

Escreve testes de unidade para funções clínicas personalizadas usando o pacote testthat. Detecta regressões precocemente e fornece evidências de correção da função para arquivos de validação.

Aula 2 • Bloqueando e Arquivando Ambientes de Análise

Congela versões de pacotes com renv e arquiva o ambiente de análise completo. Garante a reprodutibilidade futura das saídas de submissão anos após a entrega inicial.

Aula 3 • Programação Independente e CQ

Implementa CQ de dupla programação comparando saídas de análise primária e independente. Detecta discrepâncias antes da submissão usando métodos de comparação sistemáticos.

Aula 4 • Trilhas de Auditoria e Registro de Alterações

Cria trilhas de auditoria para alterações em scripts usando logs do Git e documentação estruturada de alterações. Atende aos requisitos de rastreabilidade para programação clínica regulada.