Curso de qPCR e Diagnóstico Molecular de Patogénios

Aula 1 • Organização do Genoma de Patogénicos

Aborda as estruturas genómicas de bactérias, vírus, fungos e parasitas. Fornece contexto para a seleção de regiões alvo de diagnóstico.

Aula 2 • Estrutura e Função dos Ácidos Nucleicos

Aborda a arquitetura do ADN e ARN, o emparelhamento de bases e a polaridade das cadeias. Estabelece a lógica estrutural subjacente ao desenho de primers e à amplificação.

Aula 3 • Princípios de Extração de Ácidos Nucleicos

Introduz a lise celular, o isolamento de ácidos nucleicos e a lógica de purificação. Prepara os formandos para protocolos práticos de extração em capítulos posteriores.

Aula 1 • Inibidores da PCR e Resolução de Problemas

Identifica inibidores comuns em amostras clínicas e ambientais e a sua mitigação. Capacita os formandos a diagnosticar reações de PCR falhadas ou fracas.

Aula 2 • Eletroforese em Gel para Produtos de PCR

Aborda a preparação de gel de agarose, a eletroforese e a interpretação de bandas. Fornece a capacidade de visualização necessária para confirmar os resultados da amplificação.

Aula 3 • Termociclagem e Cinética de Amplificação

Explica as fases de desnaturação, anelamento e extensão e a sua lógica de temperatura. Relaciona os parâmetros do ciclo com o rendimento e a fidelidade do produto.

Aula 4 • Princípios de Desenho de Primers

Ensina as regras de conteúdo GC, temperatura de fusão e estrutura secundária para o desenho de primers. Permite diretamente a amplificação específica de alvos patogénicos.

Aula 1 • Quantificação e Pureza de Ácidos Nucleicos

Aborda métodos de avaliação da qualidade por espectrofotometria, fluorometria e eletroforese. Garante que o material extraído cumpre os requisitos de entrada para ensaios de PCR a jusante.

Aula 2 • Protocolos de Extração Manual

Ensina métodos manuais de fenol-clorofórmio, coluna de centrifugação de sílica e esferas magnéticas. Constrói competências de extração fundamentais aplicáveis a vários tipos de amostra.

Aula 3 • Extração de ARN e Síntese de cDNA

Aborda o controlo de RNases, a lise específica para ARN e a transcrição reversa para RT-PCR. Permite a deteção de vírus ARN e alvos de expressão genética do hospedeiro.

Aula 4 • Tipos de Amostras Clínicas e Seu Manuseamento

Aborda sangue, zaragatoas, urina, LCR, tecido e fezes como matrizes de diagnóstico. Estabelece regras de manuseamento pré-analítico que protegem a integridade dos ácidos nucleicos.

Aula 1 • Curvas de Amplificação e Valores de Cq

Ensina as fases de linha de base, exponencial e platô da curva de amplificação. Estabelece o Cq como a principal leitura quantitativa.

Aula 2 • Plataformas de Instrumentos de PCR em Tempo Real

Aborda sistemas óticos, formatos de bloco e capacidades de multiplexagem das principais plataformas. Prepara os formandos para selecionar instrumentos para necessidades específicas de diagnóstico.

Aula 3 • Otimização de Ensaios para PCR em Tempo Real

Aborda a titulação da concentração de primers e sondas, gradientes de temperatura de anelamento e testes de eficiência. Produz condições de ensaio validadas e reprodutíveis.

Aula 4 • Análise da Curva de Fusão

Explica a geração e interpretação da curva de fusão pós-amplificação. Permite a discriminação de produtos específicos de dímeros de primers e amplicões inespecíficos.

Aula 1 • PCR Digital para Quantificação Absoluta

Introduz o particionamento em gotículas e chip da PCR digital e a estatística de Poisson. Fornece uma alternativa de quantificação sem padrão para alvos de baixa cópia.

Aula 2 • Métodos de Quantificação Absoluta

Ensina a construção de curvas padrão usando diluições seriadas de padrões de número de cópias conhecido. Permite a determinação direta da carga patogénica a partir de amostras clínicas.

Aula 3 • Análise Estatística de Dados de PCR

Aborda a variância, intervalos de confiança e testes estatísticos apropriados para conjuntos de dados de PCR. Garante uma interpretação defensável dos resultados quantitativos de diagnóstico.

Aula 4 • Quantificação Relativa e Genes de Referência

Explica o método delta-delta Cq e os critérios de seleção de genes de referência. Aplica-se a estudos de expressão genética e comparações normalizadas de carga patogénica.

Aula 1 • Desenho de Ensaios para Patogénicos Bacterianos

Aplica a seleção de alvos e o desenho de primers a patogénicos bacterianos comuns. Aborda o ARNr 16S, genes espécie-específicos e alvos de fatores de virulência.

Aula 2 • Desenho de Ensaios para Fungos e Parasitas

Aborda as regiões ITS, marcadores espécie-específicos e alvos específicos de parasitas. Estende as competências de desenho de ensaios ao diagnóstico de patogénicos eucarióticos.

Aula 3 • Estratégias de Seleção de Genes Alvo

Ensina os critérios para escolher alvos genómicos conservados, únicos e clinicamente relevantes. Determina diretamente a sensibilidade, especificidade e utilidade diagnóstica do ensaio.

Aula 4 • Desenho de Ensaios para Patogénicos Virais

Aborda a seleção de alvos para vírus ARN e ADN, o desenho de RT-PCR e a quantificação da carga viral. Aborda os desafios de variabilidade genómica e cobertura de estirpes.

Aula 1 • Mecanismos de Resistência Antimicrobiana

Revê os mecanismos de resistência por inativação enzimática, modificação do alvo, efluxo e permeabilidade. Fornece a base biológica para a seleção de genes alvo de resistência.

Aula 2 • Deteção e Genotipagem de Mutações

Ensina a discriminação alélica, a fusão de alta resolução e a deteção de mutações baseada em sequenciação. Identifica mutações pontuais que conferem resistência ou falência do tratamento.

Aula 3 • Deteção de Genes de Resistência por PCR

Aborda o desenho de primers para famílias de genes de resistência e painéis multiplex de resistência. Permite a genotipagem rápida do perfil de resistência a partir de amostras clínicas.

Aula 1 • Sistemas de Gestão da Qualidade Laboratorial

Aborda o controlo documental, a ação corretiva e os indicadores de qualidade para laboratórios moleculares. Relaciona os elementos do sistema de qualidade com a exatidão do diagnóstico e a acreditação.

Aula 2 • Biossegurança em Diagnóstico Molecular

Revê os níveis de biossegurança, equipamento de proteção individual e requisitos de inativação de patogénicos. Garante o manuseamento seguro de amostras clínicas infeciosas.

Aula 3 • Avaliação Externa da Qualidade e Proficiência

Explica os esquemas de testes de proficiência, a avaliação do desempenho do painel e a resposta corretiva. Demonstra a competência contínua do laboratório aos organismos de acreditação.

Aula 4 • Enquadramentos Regulamentares para Ensaios de Diagnóstico

Aborda a classificação de dispositivos médicos para diagnóstico in vitro, requisitos de avaliação de desempenho e supervisão de testes desenvolvidos em laboratório. Prepara os formandos para navegar nas vias de aprovação de ensaios.