Curso de Relatórios Clínicos com R

Aula 1 • Controlo de Versões com Git no RStudio

Integra o controlo de versões Git diretamente no fluxo de trabalho do RStudio para scripts clínicos. Permite o rastreio de alterações e a colaboração, essenciais para ambientes regulamentados.

Aula 2 • Fundamentos do Fluxo de Trabalho Orientado a Projetos

Estabelece uma estrutura de projeto reproduzível utilizando Projetos RStudio e convenções de diretórios. Garante que todos os caminhos de ficheiros e resultados permanecem portáteis e auditáveis.

Aula 3 • Instalar o R e o RStudio

Abrange a instalação do R e do RStudio em vários sistemas operativos e a gestão de versões. Estabelece o ambiente de base necessário para todos os capítulos subsequentes.

Aula 4 • Configurar o RStudio para Projetos Clínicos

Aplica definições do RStudio e layouts de painéis otimizados para o trabalho com dados clínicos. Reduz o atrito nas tarefas diárias de elaboração de relatórios através de uma configuração direcionada.

Aula 1 • Visão Geral das Normas de Dados Clínicos

Explica as convenções dos conjuntos de dados CDISC SDTM e ADaM e as suas representações em R. Fornece contexto sobre a razão pela qual os dados chegam com formas e padrões de nomenclatura específicos.

Aula 2 • Estruturas de Dados R para Dados Clínicos

Aborda data frames, tibbles, listas e fatores na sua aplicação a conjuntos de dados clínicos. Os estudantes selecionam a estrutura adequada para cada tarefa de elaboração de relatórios.

Aula 3 • Importar Conjuntos de Dados SAS e CSV

Demonstra a leitura de ficheiros de transporte SAS, ficheiros SAS7BDAT e formatos CSV para o R. Aborda codificação, preservação de rótulos e tratamento de atributos de formato.

Aula 4 • Validação e Inspeção Iniciais de Dados

Aplica verificações sistemáticas para confirmar a integridade do conjunto de dados, os tipos de variáveis e os intervalos esperados. Detecta problemas nos dados antes que estes se propaguem para os resultados dos relatórios.

Aula 1 • Lidar com Datas e Horas em Ensaios Clínicos

Analisa datas completas e parciais ISO 8601, comuns em dados clínicos, utilizando o lubridate. Calcula durações, dias de estudo e intervalos de exposição com exatidão.

Aula 2 • Derivar Novas Variáveis Clínicas

Cria variáveis derivadas, tais como grupos etários, flags de valor basal e valores de alteração em relação ao valor basal. Espelha a lógica de derivação ADaM em scripts R.

Aula 3 • Identificação e Sinalização de Dados Omissos

Identifica, quantifica e sinaliza valores omissos de acordo com as convenções de relatórios clínicos. Prepara os conjuntos de dados para uma apresentação conforme dos dados omissos nas tabelas.

Aula 4 • Remodelar Dados para Tabelas de Resumo

Aplica operações pivot para converter formatos longos e largos exigidos por diferentes estruturas de tabelas. Permite uma agregação flexível entre visitas e parâmetros.

Aula 5 • Juntar Domínios Clínicos

Combina domínios a nível de sujeito, de evento e de achados utilizando variáveis-chave. Produz conjuntos de dados integrados necessários para as análises de eficácia e segurança.

Aula 1 • Testes Estatísticos para Notas de Rodapé de Tabelas

Aplica testes apropriados, como testes t, qui-quadrado e de Wilcoxon, para notas de rodapé com valores-p. Garante que a seleção do teste está alinhada com o tipo de variável e os pressupostos de distribuição.

Aula 2 • Construção da Tabela de Dados Demográficos Basais

Constrói uma tabela completa de dados demográficos e características basais a partir da ADaM ADSL. Demonstra todo o pipeline, desde os dados até à saída da tabela formatada.

Aula 3 • Automatizar Estatísticas de Resumo em Múltiplos Parâmetros

Utiliza programação funcional para aplicar funções de resumo em múltiplos parâmetros ou visitas. Elimina código repetitivo e garante consistência em todas as saídas das tabelas.

Aula 4 • Resumos de Variáveis Categóricas

Produz contagens de frequência e percentagens para variáveis categóricas e binárias. Lida corretamente com a seleção do denominador e a apresentação de categorias com contagem zero.

Aula 1 • Tabelas de Resumo de Endpoints de Eficácia

Produz tabelas para endpoints de eficácia primários e secundários com resumos ao nível da visita. Incorpora linhas de alteração em relação ao valor basal e contagens de análise de respondedores.

Aula 2 • Tabelas de Resumo de Eventos Adversos

Constrói tabelas de incidência para eventos adversos por classe de sistema de órgãos e termo preferido. Aplica a ordenação por hierarquia MedDRA e a estrutura de colunas por braço de tratamento.

Aula 3 • Seleção e Configuração de Pacotes de Tabelas

Compara os pacotes rtables, gt e flextable para casos de uso clínico e configura cada um. Os estudantes escolhem a ferramenta certa com base no formato de saída e no contexto regulamentar.

Aula 4 • Exportar Tabelas para RTF e Word

Exporta tabelas formatadas para os formatos RTF e Word exigidos para submissões regulamentares. Valida que a saída exportada corresponde exatamente à tabela renderizada no ecrã.

Aula 1 • Exportar Figuras para Formatos de Submissão

Guarda figuras como ficheiros TIFF, PDF e PNG de alta resolução que cumprem as especificações de submissão. Controla as dimensões, a resolução e a incorporação de tipos de letra para conformidade regulamentar.

Aula 2 • Fundamentos do ggplot2 para Gráficos Clínicos

Estabelece a gramática dos gráficos do ggplot2 aplicada a contextos de dados clínicos. Constrói o vocabulário visual necessário para todos os tipos de figura subsequentes neste capítulo.

Aula 3 • Gráficos de Floresta para Análises de Subgrupos

Produz gráficos de floresta que apresentam estimativas do efeito do tratamento em subgrupos predefinidos. Aplica eixos em escala logarítmica e linhas de referência de acordo com as convenções de relato.

Aula 4 • Gráficos de Perfil Médio e Spaghetti

Constrói perfis ao longo do tempo com barras de erro e trajetórias individuais dos sujeitos. Utilizado para visualização de endpoints contínuos ao longo das visitas em secções de eficácia.

Aula 5 • Curvas de Sobrevivência de Kaplan-Meier

Gera curvas de Kaplan-Meier com intervalos de confiança e tabelas de risco utilizando o survminer. Abrange a preparação de dados de tempo até ao evento e a anotação de curvas.

Aula 1 • Incorporar Tabelas e Figuras em Relatórios

Integra tabelas e figuras formatadas em documentos R Markdown com legendas corretas. Garante que as referências cruzadas e a numeração permanecem consistentes ao longo do documento.

Aula 2 • Automatizar Pipelines de Relatórios com o targets

Implementa o pacote targets para orquestrar pipelines de relatórios clínicos de ponta a ponta. Garante que apenas os passos desatualizados são reexecutados quando os dados ou o código a montante são alterados.

Aula 3 • Relatórios Parametrizados para Múltiplos Estudos

Utiliza parâmetros do R Markdown para gerar relatórios separados por estudo, braço ou local. Elimina erros de cópia manual em documentos clínicos relacionados.

Aula 4 • R Markdown para Documentos Clínicos

Introduz a estrutura do R Markdown, os cabeçalhos YAML e as opções de chunks para relatórios clínicos. Estabelece a estrutura documental utilizada ao longo deste capítulo.

Aula 1 • Testes Unitários a Funções R Clínicas

Escreve testes unitários para funções clínicas personalizadas utilizando o pacote testthat. Detecta regressões precocemente e fornece evidência da correção das funções para ficheiros de validação.

Aula 2 • Bloquear e Arquivar Ambientes de Análise

Congela as versões dos pacotes com o renv e arquiva o ambiente de análise completo. Garante a reprodutibilidade futura dos resultados de submissão anos após a entrega inicial.

Aula 3 • Programação Independente e Controlo de Qualidade (CQ)

Implementa o controlo de qualidade por dupla programação, comparando os resultados da análise primária e da análise independente. Deteta discrepâncias antes da submissão utilizando métodos de comparação sistemáticos.

Aula 4 • Trilhas de Auditoria e Registo de Alterações

Cria trilhas de auditoria para alterações em scripts utilizando registos Git e documentação de alterações estruturada. Satisfaz os requisitos de rastreabilidade para programação clínica regulamentada.